簡(jiǎn)介:
miRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是指miRNA與其靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。分析過(guò)程中主要涉及以下步驟:
1. 預(yù)測(cè)miRNA 結(jié)合的靶基因(這個(gè)很多數(shù)據(jù)庫(kù)以及軟件可以實(shí)現(xiàn)這一步驟)
2. 跟轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)結(jié)合,篩選其中差異表達(dá)miRNA及靶基因
3. 結(jié)合統(tǒng)計(jì)方法計(jì)算miRNA在所有差異基因調(diào)控的權(quán)重,輔助篩選重要的miRNA
4. 其他輔助手段,篩選重要的miRNA
5. 最終以網(wǎng)絡(luò)的方式呈現(xiàn)
Demo 結(jié)果
Network-Based Approaches to Understand the Roles of miR-200 and Other microRNAs in Cancer
Cameron P. Bracken et al. 2015,cancer research
結(jié)果解讀:
結(jié)果中顯示了 microRNA 與 特定生物學(xué)相關(guān)mRNA 之間的關(guān)系
分析關(guān)鍵:
1. 預(yù)測(cè)的軟件比較多,如何篩選預(yù)測(cè)的結(jié)果
2. 如何使預(yù)測(cè)的結(jié)果真實(shí)性更高
3. 當(dāng)沒(méi)有miRNA表達(dá)或mRNA表達(dá)的數(shù)據(jù)的時(shí)候縮小數(shù)據(jù)的范圍
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